R语言绘制三维散点图

Python021

R语言绘制三维散点图,第1张

以下是scatterplot3d、Plot3D、rgl包绘制三维散点图的小示例。

【Iris数据集】

scatterplot3d包绘制三维散点图

Plot3D 包绘制三维散点图

rgl包绘制三维散点图

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# --enable-R-shlib 需要设置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的动态库# --prefix指定软件安装目录，需使用绝对路径./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib# 也可以使用这个命令，共享系统的blas库，提高运输速度#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapackmakemake install

非度量多维标度（NMDS）分析

非度量多维标度（Non-metric Multidimensional Scaling，NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。

与PCoA相似，NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。

来看看R的vegan包和ggplot2包是如何绘制NMDS图的。

使用数据文件如下：

①otu_table.txt

②group.txt

方法如下：

1.调用vegan包metaMDS()函数执行NMDS，读取数据；

2.根据物种组成计算样方距离，如 Bray-curtis 距离；

3.NMDS 排序，定义 2 个维度；

4.提取应力函数值、样方得分，查看主要结果；

5.物种变量可通过丰度加权平方被动添加至排序图中；

6.使用ggplot2包作图。