r语言的notebook怎么跳转打开生成html文件

Python013

r语言的notebook怎么跳转打开生成html文件,第1张

r语言的notebook跳转打开生成html文件的方法：在菜单栏里面的语言首选项里面选择HTML，然后保存即可。

1、R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R本来是由来自新西兰奥克兰大学的RossIhaka和RobertGentleman开发（也因此称为R），现在由R开发核心团队负责开发。

2、html文件是指超文本标记语言(HyperTextMarkupLanguage)，标准通用标记语言下的一个应用。HTML不是一种编程语言，而是一种标记语言(markuplanguage)，是网页制作所必备的。

画热图中耽误时间较久的部分

https://www.jianshu.com/p/db53f7463d3f?open_source=weibo_search

如下三个数据框

创建一个空list，利用get()将所有数据框写入，形成一个2维的list，然后利用do.call()进行合并

实际中，我用for(i in length(vector)) {} 结果都只有最后一次循环的结果。 改成for(i in c(1:7))) {}

https://www.jianshu.com/p/fd60374d9577?utm_campaign=hugo&utm_medium=reader_share&utm_content=note&utm_source=weixin-friends

数据框就是向量按列组合

setwd("E:/GSE25066")#环境设置

library(limma)#加载差异分析包limma

#将分组文件加载到环境中，分组信息第一列为样本名，第二列为分组信息如“high”“low”

targets<-read.csv("group.csv")

#将表达矩阵加载到环境中，行为基因，列为样本，这里应该注意去除重复项。

eset<-read.csv("expreset-basal1.csv",row.names = "symbol")

targets$Target=gsub("_",".",targets$Target)##若数据中存在特殊符号，将"_"替换成“.”，也可以不替换

##该数据集中实际存在不符合R的命名原则，所以在没个分类前加一个“F”，具体自己定

targets$Target=c(paste0("F",c(targets$Target),collapse = NULL,sep=""))

colnames(targets)=c("FileName","Target")#更改列名，为了和limma包中的一致

lev<-unique(targets$Target)##使用unique（）函数进行去重

f <- factor(targets$Target, levels=lev)

design <- model.matrix(~0+f)

colnames(design) <- lev

cont.wt <- makeContrasts("high-low",

                      +  levels=design)

fit <- lmFit(eset, design)#前面矩阵的row.name=“symbol”

fit2 <- contrasts.fit(fit, cont.wt)

fit2 <- eBayes(fit2)

tT=topTable(fit2, adjust="BH",sort.by="logFC",n=Inf)

tT = subset(tT, select=c("adj.P.Val","P.Value","logFC"))

colnames(tT)=c("FDR","P.Value","logFC")

write.csv(tT,"DEGbasal.csv")

#最后的tT就是得到的差异基因，其中包含基因，P.Value和logFC