LD衰减图

LD衰减图

LD衰减距离指的是,当平均LD系数衰减到一定大小(最大值的一半0.5以下)的时候,对应的物理距离。通常用LD衰减距离来描述LD衰减速度。LD衰减速度越快,即衰减距离越小,说明该群体遗传多样性越高;LD衰减速度越慢,通常驯化程度越高,选择强
Python80
R绘图|ggplot2火山图的绘制

R绘图|ggplot2火山图的绘制

上一期 R绘图|ggplot2散点图的绘制 简单介绍了散点图在高通量数据展示上的作用,以及如何绘制?散点图在数据展示上存在局限,只能体现基因的差异幅度,并不能体现统计学意义。因此,在高通量文章中,还有一种较为全面的展示数据特点的工具——火
Python130
R语言中执行limma包中的lmFit时出错

R语言中执行limma包中的lmFit时出错

您好,这样的:步骤1:打开你电脑中的杀毒软件步骤2:关掉杀毒软件的实时防护监控功能步骤3:在线或本地安装你要装的R安装包步骤4:安装完R安装包后,重新打开杀毒软件的实时防护监控功能。步骤5:在R中运行你刚才安装的包。sion 3.0.1
Python160
R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况

R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况

加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表
Python250
初学者R语言:热图基础画法及个性化调整详解

初学者R语言:热图基础画法及个性化调整详解

热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。 例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每
Python130
r语言中图例legend的边框线如何去掉

r语言中图例legend的边框线如何去掉

把左侧图层里面,图层的名字去掉就好了,图层的名字和legend是对应的。 或者,你在legend的属性里,去掉这个图层。 如果你要编辑整个legend的话,可以右击,转化为图形,这样就可以随意编辑删除了。legend: { align: &
Python380
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

已经有好多程序员都把Go语言描述为是一种所见即所得(WYSIWYG)的编程语言。这是说,代码要做的事和它在字面上表达的意思是完全一致的。 在这些新语言中,包含D,Go,Rust和Vala语言,Go曾一度出现在TIOBE的排行榜上面。与其他新
Python50
r语言取5的倍数

r语言取5的倍数

25。R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。而在R语言中语句输出所有不大于25就是5的倍数的正数的。R语言实际上是函数的集合,用户可以使用ba
Python140
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python140
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

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下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python140
“对称散点图”的绘制(R语言)

“对称散点图”的绘制(R语言)

转录组分析中,计算了两组间差异表达的基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。的确,火山图是使用频率最多的,在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值,识别和判断差异表达基因概况。火山图实质
Python190
R语言-第一次用RStudio 画热图

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作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。
Python180
深入浅出介绍聚类分析

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聚类分析是生信分析中常用的工具,在转录组分析中经常用到。聚类分析将表达模式相似的基因聚类在一起,以基因集的形式进行后续分析,今天我给大家介绍其相关原理。 聚类方法有很多,常用的有以下几个: 下图的例子展示的是,差异表达基因集的聚类
Python120
R语言绘制三维散点图

R语言绘制三维散点图

以下是scatterplot3d、Plot3D、rgl包绘制三维散点图的小示例。 【Iris数据集】 scatterplot3d包绘制三维散点图 Plot3D 包绘制三维散点图 rgl包绘制三维散点图 “作图帮”微信公众
Python90
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

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下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python100
R语言中执行limma包中的lmFit时出错

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您好,这样的:步骤1:打开你电脑中的杀毒软件步骤2:关掉杀毒软件的实时防护监控功能步骤3:在线或本地安装你要装的R安装包步骤4:安装完R安装包后,重新打开杀毒软件的实时防护监控功能。步骤5:在R中运行你刚才安装的包。sion 3.0.1
Python80
R语言-第一次用RStudio 画热图

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作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。
Python160
PCA主成分分析_R语言实战

PCA主成分分析_R语言实战

作为零计算机基础,纯生物背景的实验喵,有很多技能还不会,只希望将自己学习到的知识记录下来,一方面让自己能够时常温故知新,一方面与大家分享学习内容和心得,一起进步呀。 主成分分析(principle component analysis,
Python160