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FASTX-Toolkit 使用说明

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使用FASTX-Toolkit 的默认设置去adapter sequences序列,出现以下问题:
[root@localhost fastq]# fastx_clipper -i 1.fastq -o 1.fa
fastx_clipper: Invalid quality score value (char '#' ord 35 quality value -29) on line 4


google之,发现了问题的所在:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_70b2b6020101994z.html
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=7596
fastq 的质量值得问题
理论上 fastq sanger 是 ord($Q)-33 

                  illumina  
ord($Q)-64

最近拿到数据,发现有些数据实际上还是使用了 ord($Q)-33的质量值
所以fastx_clipper报错
fastx_clipper: Invalid quality score value (char '#' ord 35 quality value -29) on line 4
修改参数运行增加
fastx_clipper -a "ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
AAAAAAAAAA" -l 5 -k -o test.out -i test.fastq
加 -Q 33 , 运行通过


作者:我的BLOG
原文地址:FASTX-Toolkit 使用说明, 感谢原作者分享。

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